การศึกษาและการก่อสร้างในอดีต

การศึกษาในยุคนั้นเป็นการศึกษาตามแบบโบราณ คือ หัดเขียนหัดอ่าน เล่าเรียนสูตรมูลกัจจายน์และเรียนพระคัมภีร์เป็นต้น ต่อมาการศึกษาก็เปลี่ยนแปลงไปตามยุคตามสมัย

ความเป็นไปของวัดนี้ ในยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์ตั้งแต่รัชกาลที่ ๑ ถึงรัชกาลที่ ๔ สันนิษฐานว่ามีความเจริญมากทั้งการศาสนศึกษาและเสนาสนะสงฆ์ ด้วยเหตุผล ดังนี้

๑ ด้านการศึกษาที่เกี่ยวกับราชวงศ์ในยุคสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ขุน)

การศึกษามีหลักฐานปรากฏว่า พระราชโอรสในพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ ๒ เมื่อยังทรงพระเยาว์ได้ทรงศึกษาอักษรสมัยเบื้องต้นในสำนักวัดนี้ ได้แก่ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว เป็นต้น เพราะสมัยนั้นการศึกษาสำหรับกุลบุตรเรียนกันตามวัดตามสกุลนั้นทั้งนั้น ส่วนกุลธิดาเรียนในสกุลของตน เพราะไม่มีโรงเรียนแพร่หลาย เมื่อผู้ปกครองประสงค์จะให้บุตรศึกษาศิลปวิทยา ก็พาไปฝากเป็นศิษย์วัดเพราะฉะนั้น ในยุคนั้น สำนักวัดโมลีโลกยาราม เป็นสถานศึกษาสำคัญแห่งหนึ่งซึ่งเป็นที่วางพระราชหฤทัยในรัชกาลที่ ๒ ให้เป็นสถานที่ศึกษาของพระราชโอรสและบุตรเจ้านาย เหตุผลสำคัญอีกประการหนึ่ง สำนักแห่งนี้มีนักปราชญ์ผู้เป็นอดีตเจ้าอาวาสรูปที่ ๒ ซึ่งได้แก่ เจ้าประคุณสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ขุน) เป็นพระมหาเถระผู้ทรงความรู้เชี่ยวชาญพิเศษแทบทุกด้าน โดยเฉพาะด้านภาษาบาลี ภาษาขอม ภาษาไทย ด้านโหราศาสตร์ สังคมศาสตร์ ขนบธรรมเนียม ประเพณี และพุทธศาสตร์ เป็นต้น เป็นที่เลื่องลือว่าเป็นหนึ่งไม่มีสองในยุคนั้นทีเดียว เป็นพระมหาเถระผู้ประพฤติดีปฏิบัติชอบ ทรงคุณด้านวิปัสสนา นับว่าเก่งทั้งด้านคันถธุระและวิปัสสนาธุระ เป็นที่เจริญพระราชศรัทธาในพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ ๒ จนเป็นที่ไว้วางพระราชหฤทัยดังกล่าว

๒. ด้านการศึกษาพระบาลีในยุคสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ฉิม ป.๙)

ในด้านการศึกษาพระบาลีในยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์ ยังเป็นการสอบแบบแปลด้วยปากเหมือนสมัยกรุงศรีอยุธยาอยู่ สำนักวัดโมลีโลกย์นับว่ามีชื่อเสียงโด่งดังพอสมควร เนื่องจากมีนักปราชญ์ฝ่ายบาลี มีภูมิความรู้ถึงเปรียญ ๙ ประโยค ผู้เป็นอดีตเจ้าอาวาสรูปที่ ๓ คือ เจ้าประคุณสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ฉิม) ท่านมีบทบาทด้านการศาสนศึกษาของคณะสงฆ์ไทยอย่างยวดยิ่ง ได้รับความไว้วางพระราชหฤทัยในรัชกาลที่ ๓ ให้เป็นคณะกรรมการสอบพระบาลีสนามหลวง ในพระบรมมหาราชวัง โดยเฉพาะอย่างยิ่งได้เป็นหนึ่งในคณะกรรมการสอบพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ ขณะทรงผนวช นอกจากนั้น ท่านยังเปิดสอนพระบาลีในสำนักวัดโมลีโลกย์อีกด้วย มีลูกศิษย์หลายท่าน เช่น พระธรรมเจดีย์ (อยู่ ป.๔) พระนิกรมมุนี (ชู ป.๘) พระมหาชา ป.๘ พระมหาเย็น ป.๘ เป็นต้น

๓. ด้านการก่อสร้างและบูรณปฏิสังขรณ์เสนาสนะสงฆ์

เสนาสนะสงฆ์ ตลอดถึงพระอุโบสถและพระวิหารในยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์ได้รับการปฏิสังขรณ์ใหม่ สมัยกรุงธนบุรี วัดนี้ไม่มีพระสงฆ์อยู่ประจำ เนื่องจากเขตพื้นที่วัดได้รวมเข้าอยู่ในเขตพระราชวัง สมัยรัชกาลที่ ๑ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชโปรดให้พระราชโอรส คือ รัชกาลที่ ๒ ได้บูรณปฏิสังขรณ์ขึ้นหลายอย่าง แล้วโปรดให้พระสงฆ์มาอยู่จำพรรษา ทรงตั้งเจ้าอาวาสให้เป็นพระราชาคณะผู้ใหญ่ที่พระเทพโมลี (ศรี) ต่อมา รัชกาลที่ ๓ ได้ทรงบูรณปฏิสังขรณ์ทั่วทั้งพระอารามอีกครั้งหนึ่ง ในยุคนี้ นับว่าเจริญรุ่งเรืองมากเพราะได้รับการปฏิสังขรณ์ทั้งพระราม มีการสมโภชพระอารามอย่างยิ่งใหญ่ในปี พ.ศ. ๒๓๗๔ พร้อมพระอารามอีก ๘ แห่ง รวม ๙ แห่งมีวัดราชโอรส วัดอรุณฯ วัดราชสิทธาราม เป็นต้น ต่อมา พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ โปรดให้กระทำผาติกรรมเปลี่ยนเสนาสนะสงฆ์ ทรงสร้างกุฎีตึกถวายเจ้าอาวาสทรงสร้างหอสวดมนต์ หอกลาง และทรงซ่อมถาวรวัตถุอีก ในสมัยรัชกาลที่ ๕ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ก็โปรดให้ปฏิสังขรณ์หอพระไตรปิฎกเป็นต้นอีกครั้งหนึ่ง จากนั้นไม่ปรากฏว่าใครได้ปฏิสังขรณ์อะไรอีก ทำให้เสนาสนะก็ชำรุดทรุดโทรมลงบ้างแต่ไม่สู้มากนัก ครั้งถึงสมัยรัชกาลที่ ๖ ในยุคพระสนิทสมณคุณ (เงิน) ปกครองวัดได้จัดการปฏิสังขรณ์เสนาสนะขึ้นหลายอย่าง ตามกำลังทรัพย์ ถึงยุคพระประสิทธิสีลคุณ (จ้อย) นับว่ามีความเจริญทั้งเสนาสนะและการศึกษาพอสมควร การศึกษาพระปริยัติธรรมของสำนักขาดช่วงไปหลายทศวรรษก็จัดให้มีขึ้นใหม่ ส่วนเสนาสนะได้ปรับปรุงถนนและพื้นที่ของวัด และทำเขื่อนคอนกรีตที่หน้าวัดเมื่อ พ.ศ.๒๔๗๓ ยุคพระรัตนมุนี (โสม) ได้สร้างโรงเรียนพระปริยัติธรรมขึ้น ๑ หลัง สำหรับเรียนปริยัติธรรมเนื่องจากในยุคนี้วัดได้รับแต่งตั้งเป็นสำนักเรียน รวมทั้งบูรณะพระอุโบสถและสร้างเสนาสนะสงฆ์ขึ้นหลายหลัง มาถึงยุคพระเทพปริยัติสุธี (วรวิทย์) ซึ่งต่อมา ได้รับพระราชทานสถาปนาเป็นที่พระพรหมกวี ได้ปรับปรุงเสนาสนะสงฆ์ครั้งใหญ่ทุกหลัง โดยดีดกุฎีทำเป็นสองชั้นเพื่อรองรับพระภิกษุสามเณรที่เข้ามาเรียนพระปริยัติธรรมแผนกธรรมและบาลี บูรณะหอกลาง บูระเขตพุทธาวาสทั้งหมด ได้ริเริ่มก่อสร้างอาคารโมลีปริยัติยากรเฉลิมพระเกียรติ แต่ยังไม่แล้วเสร็จก็มรณภาพ ยุคพระเมธีวราภรณ์ (สุทัศน์) ได้บูรณะหอพระไตรปิฎกสมัยรัชกาลที่ ๓ และกุฏีสงฆ์ ก่อสร้างห้องน้ำ ห้องสุขาเพิ่มเติม และก่อสร้างอาคารโมลีปริยัติยากรเฉลิมพระเกียรติ ต่อจากพระพรหมกวี และปรับปรุงเขตพุทธาวาสทั้งหมด