สำนักเรียนวัดโมลีโลกยาราม เป็นสำนักจัดการศึกษาพระปริยัติธรรมทั้งแผนกธรรมและแผนกบาลี ตั้งอยู่ ณ วัดโมลีโลกยาราม แขวงวัดอรุณ เขตบางกอกใหญ่ กรุงเทพมหานคร ตั้งเป็นสำนักเรียนพระปริยัติธรรมตามมติมหาเถรสมาคม ครั้งที่ ๒๐/๒๕๓๔ วันที่ ๙ สิงหาคม ๒๕๓๔
คำว่า สำนักเรียน หมายถึง วัดที่มีการจัดการศาสนศึกษาของคณะสงฆ์โดยตรง ๑ การรวมวัดที่จัดการการศาสนศึกษาในเขตปกครองเข้าด้วยกัน ๑
สำนักที่มีการเรียนการสอนพระปริยัติธรรมแผนกธรรมและแผนกบาลี หรือแผนกนักธรรมหรือแผนกบาลีตามหลักสูตรของคณะสงฆ์ เฉพาะส่วนกลางคือกรุงเทพมหานคร (เดิมคือจังหวัดพระนครและจังหวัดธนบุรี) จัดเป็น สำนักเรียนพระปริยัติธรรม ตั้งขึ้นในวัดใดก็เป็นสำนักเรียนวัดนั้น และเจ้าอาวาสต้องเป็นเจ้าสำนักเรียนโดยตำแหน่ง แต่เดิมตั้งตามพระบัญชาสมเด็จพระสังฆราช ต่อมาตั้งตามประกาศของสังฆมนตรีว่าการองค์การศึกษา ในปัจจุบันตั้งตามมติมหาเถรสมาคม ปัจจุบันทั้งคณะมหานิกายและคณะธรรมยุต มีสำนักรียนมากกว่า ๘๐ แห่ง เพราะมีการตั้งสำนักทที่มีการจัดการเรียนบาลีเข้าเกณฑ์เป็นสำนักเรียนเพิ่มขึ้น เจ้าสำนักเรียนสามารถแต่งตั้งครูอาจารย์และผู้บริหารเอง ติดต่อประสานงานกับแม่กองธรรมสนามหลวง แม่กองบาลีสนามหลวง และสำนักงานพระพุทธศาสนาได้โดยตรง ไม่ต้องผ่านเจ้าคณะผู้ปกครองสงฆ์ จึงสรุปกล่าวได้ว่าสำนักเรียนนั้นจะต้องได้รับการแต่งตั้งโดยมติมหาเถรสมาคมฯ เป็นวัดที่ตั้งอยู่ในกรุงเทพมหานคร สำหรับวัดที่ตั้งอยู่ในกรุงเทพมหานคร แม้จัดการเรียนการสอนบาลี-นักธรรม แต่ไม่ได้รับแต่งตั้งเป็นสำนักเรียน ก็ไม่นับเป็นสำนักเรียน มิใช่ทุกวัดในกรุงเทพมหานครจะเป็นสำนักเรียน เป็นเพียงสำนักศาสนศึกษาเท่านั้น ส่วนในส่วนภูมิภาคนั้นก็เช่นเดียวกัน ทุกวัดจัดการเรียนการสอนพระปริยัติธรรมจัดเป็นสำนักศาสนาศึกษา ซึ่งจะกล่าวต่อไป
ในระยะแรกที่ปรับปรุงการเรียนการสอนการสอบนักธรรมและสอบบาลีแบบข้อเขียนแล้ว ปี ๒๔๕๘ เพื่อให้มีองค์กรบิหารจัดการการศาสนศึกษาอันมั่นคง และเพื่อให้สำนักเรียนใหญ่ได้เป็นธุระดูแลการเล่าเรียนของสำนักเรียนน้อย และของวัดที่ยังไม่เป็นสำนักเรียน อีกทั้งเพื่อเป็นหลักในการสอบนักธรรมสนามวัด ได้กำหนดตั้ง สำนักเรียนใหญ่ ขึ้น ๑๑ สำนัก และ สำนักเรียนน้อย ๕ สำนัก โดยกำหนดให้สำนักเรียนใหญ่จัดสอบธรรมสนามวัด เพื่อเตรียมเข้าสอบสนามหลวง และให้สำนักเรียนน้อยและวัดที่ยังไม่เป็นสำนักเรียนรวมสอบกับสำนักเรียนใหญ่ พร้อมกับอยู่ในความดูแลของสำนักเรียนใหญ่ด้วย สำนักเรียนที่ตั้งครั้งแรกเรียงตามลำดับ คือ วัดบวรนิเวศวิหาร วัดราชบพิธ วัดมหาธาตุ วัดพระเชตุพน วัดสุทัศนเทพวราราม วัดเบญจมบพิตร วัดเทพศิรินทราวาส วัดบรมนิวาส วัดราชาธิวาส วัดอนงคาราม และวัดประยุรวงศาวาส เป็นสำนักเรียนใหญ่ วัดมกุฏกษัตริยาราม วัดพิชยญาติการาม วัดราชบุรณะ วัดสระเกศ และวัดจักรวรรดิราชาวาส เป็นสำนักเรียนน้อย รวมเป็น ๑๖ สำนัก ต่อมามีการจัดตั้งเพิ่มตามลำดับถึงปัจจุบัน
ปรากฏในบัญชีแสดงผลการสอบบาลีสนามหลวงประจำปี ตามข้อมูลปี ๒๕๔๑ และ ๒๕๔๔ มี ๑๓ คณะ คือ เขตบางเขน-จตุจักร, เขตลาดพร้าว-บึงกุ่ม, เขตดอนเมือง, เขตประเวศ, เขตพระโขนง, เขตคลองเตย, เขตมีนบุรี, เขตบางกะปิ, เขตลาดกระบัง, เขตหนองแขม, เขตภาษีเจริญ, เขตราษฎร์บูรณะ และเขตบางขุนเทียน
ในส่วนภูมิภาคนั้นการรวมสำนักศาสนศึกษาทั้งจังหวัดเข้าด้วยกันจัดเป็น สำนักเรียนคณะจังหวัด หรือ คณะจังหวัด สำนักเรียนคณะจังหวัดนั้น มีเจ้าคณะจังหวัดเป็นเจ้าสำนักเรียน ทำหน้าที่ควบคุมดูแลและส่งเสริมการศาสนศึกษา ศำนักศาสนศึกษาและวัดที่มิได้เป็นสำนักศาสนศึกษา แต่มีผู้เรียนขอเข้าสอบภายในจังหวัดนั้นๆ ให้รวมส่งสอบในนามสำนักเรียนคณะจังหวัดนั้น
ในกรุงเทพมหานคร การรวมสำนักศาสนศึกษาในเขตหนึ่ง ๆ เข้าด้วยกันจัดเป็น สำนักเรียนคณะเขต หรือ คณะเขต ชื่อนี้นั้นแต่เดิมเคยเรียกว่า สำนักเรียนคณะอำเภอ หรือ คณะอำเภอ ใช้สำหรับอำเภอรอบนอกของจังหวัดพระนครและจังหวัดธนบุรี ขณะนี้เรียก “สำนักเรียนคณะเขต” มีเจ้าคณะเขตเป็นเจ้าสำนักเรียน ทำหน้าที่ควบคุมและส่งเสริมสำนักศาสนศึกษาและวัดที่มีการศึกษาภายในเขตของตน
จึงกล่าวได้ว่า สำนักเรียนนั้นต้องได้รับการแต่งตั้งโดยมติมหาเถรสมาคม ตั้งอยู่ในส่วนกลางกรุงเทพมหานคร แต่ส่วนภูมิภาคนั้น กำหนดแต่ละจังหวัดเป็นสำนักเรียนในจังหวัดนั้น หากมีวัดที่จัดการศึกษาดีอยู่มีผู้สอบได้มาก สามารถแต่งตั้งเป็นโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีประจำจังหวัด
สำนักศาสนศึกษา
สำนักศาสนศึกษา หมายถึง วัดที่จัดการเรียนการสอนพระปริยัติธรรมแผนกธรรมและหรือแผนกบาลี ซึ่งอยู่ในจังหวัดอื่นนอกกรุงเทพมหานคร แต่เดิมตั้งขึ้นตามมติคณะกรรมการสงฆ์จังหวัด ปัจจุบันตั้งขึ้นตามความเห็นชอบของเจ้าคณะจังหวัด เพราะในต่างจังหวัดนั้น ถือว่าวัดที่มีการเรียนการสอนเป็นสำนักศาสนศึกษา หรือเรียกแยกว่า สำนักศึกษาธรรม หรือเรียกรวมว่า สำนักศึกษาธรรม และ บาลี บ้าง สำนักศึกษาบาลี แต่รวมแล้วก็คือสำนักศาสนศึกษานั่นเอง เมื่อรวมสำนักศาสนศึกษาทุกแห่งในจังหวัดจึงเป็น สำนักเรียนคณะจังหวัด การแต่งตั้งครูสอนจึงเป็นหน้าที่ของเจ้าคณะจังหวัด และเมื่อรวมสำนักศาสนศึกษาในเขตทุกแห่ง (ยกเว้นสำนักเรียนที่ได้แต่งตั้งแล้ว) จึงเป็น สำนักเรียนคณะเขต ส่วนในกรุงเทพมหานคร วัดที่เป็นเพียงสำนักศาสนศึกษาเวลาส่งสอบต้องขึ้นต่อสำนักเรียนวัดใดวัดหนึ่ง หากไม่ขึ้นต่อสำนักเรียนวัดใดวัดหนึ่ง ก็ขึ้นต่อเจ้าคณะเขตเจ้าสังกัดในฐานะเจ้าสำนักเรียนคณะเขต
อนึ่ง จังหวัดทุกจังหวัด เป็นสำนักเรียนคณะจังหวัด เขตในกรุงเทพมหานคาก็เป็นสำนักเรียนคณะเขต ทั้งเจ้าคณะจังหวัดและเจ้าคณะเขต มีฐานะเป็นเจ้าสำนักเรียนโดยตำแหน่ง ส่วนกรุงเทพมหานครมิได้เป็นสำนักเรียนกรุงเทพมหานคร เจ้าคณะกรุงเทพมหานคร จึงไม่มีฐานะเป็นเจ้าสำนักเรียนคณะจังหวัด เพราะสำนักเรียนวัดและสำนักเรียนคณะเขตประสานกับสำนักงานแม่กองธรรม แม่กองบาลี และสำนักพระพุทธศาสนาส่วนกลางโดยตรง
โรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีประจำจังหวัด
โรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีประจำจังหวัด หมายถึง สำนักศาสนศึกษาในจังหวัดอื่นนอกจากกรุงเทพมหานคร ซึ่งจัดการศึกษาแผนกบาลีได้ดี แม่กองบาลีสนามหลวงประกาศยกฐานะขึ้นเป็น โรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีประจำจังหวัด โดยอนุมัติของมหาเถรสมาคม เป็นการยกฐานะสำนักศาสนศึกษาให้สูงขึ้น ทั้งนี้ โดยอาศัยระเบียบมหาเถรสมาคมว่าด้วยการจัดตั้งโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีประจำจังหวัด พ.ศ.๒๕๔๑ เป็นหลักในการจัดตั้ง
อนึ่ง คำทั้ง ๓ ดังกล่าวนี้ หากจะเทียบให้ชัดเจน สำนักเรียนวัด และสำนักเรียนคณะจังหวัดมีฐานะสูงพอกัน รองลงมาคือสำนักเรียนคณะเขต โรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีประจำจังหวัด และสำนักศาสนศึกษาวัด
สำนักเรียนวัดโมลีโลกยาราม
(๑) ระยะแรก
วัดโมลีโลกยาราม ในยุคต้นแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เคยเป็นสำนักเรียนที่มีการเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีแบบสอบด้วยปากมาแล้ว ปรากฏว่ามีผู้สอบได้หลายท่าน เช่น พระธรรมเจดีย์ (อยู่ เปรียญ ๔ ประโยค) และพระนิกรมมุนี (ชู เปรียญ ๘ ประโยค) โดยเฉพาะในยุคอดีตเจ้าอาวาสรูปที่ ๓ คือ เจ้าประคุณสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ฉิม) ผู้แต่งฉันท์สดุดีคำถวายพระพรพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งต้นด้วยคำว่า ยํ ยํ เทวมนุสฺสานํ เป็นผู้ทรงภูมิบาลีชั้นเอกอุ ครั้นเมื่อมีการปรับปรุงการศาสนศึกษาแนวใหม่ โดยจัดตั้งหลักสูตรนักธรรมชั้นตรี-โท-เอก ขึ้น เริ่มสอบมาแต่ปี ๒๔๕๕-๒๔๖๐-๒๔๖๕ ตามลำดับ และเปลี่ยนแปลงวิธีสอบบาลีด้วยปากมาเป็นสอบแบบข้อเขียน ซึ่งเริ่มตั้งแต่ปี ๒๔๕๖ เป็นต้นมา ครั้นถึงปี ๒๔๖๙ จึงมีผู้สอบชั้นประโยค ป.ธ.๙ ได้เป็นปีแรก วัดโมลีโลกยาราม ได้รับภาระจัดการศึกษาพระปริยัติธรรมตามแนวใหม่ทั้ง ๒ แบบ โดยระยะแรกสำนักเรียนวัดมหาธาตุ ได้มอบให้พระประสิทธิศีลคุณ (จ้อย เปรียญ ๔ ประโยค แบบสอบด้วยปาก) นำพระเปรียญสำนักเรียนวัดมหาธาตุมาดำเนินการสอน เริ่มเมื่อประมาณ พ.ศ.๒๔๖๐ และให้นักเรียนวัดโมลีโลกยาราม เข้าสอบในนามสำนักเรียนวัดมหาธาตุ ระยะแรกผลการเรียนยังไม่เด่นชัดนัก ครั้น พ.ศ. ๒๔๖๔ โปรดให้พระประสิทธิ์ศีลคุณ ย้ายมาครองวัดโมลีโลกยาราม (พ.ศ. ๒๔๖๔-๒๔๙๒) แต่นั้นมา พระประสิทธิศีลคุณ ได้จัดการศึกษาทั้ง ๒ แผนกอย่างเข้มแข็ง โดยสอนเองบ้าง จัดพระเปรียญอื่นช่วยสอนบ้าง โดยตั้งโรงเรียนพระปริยัติธรรมขึ้นเป็นหลักฐาน มีพระภิกษุสามเณรสอบนักธรรมและบาลีได้ในสนามหลวงมากขึ้นตามลำดับ เฉพาะที่ได้หลักฐานในแถลงการณ์คณะสงฆ์ พ.ศ.๒๔๖๑-๒๔๗๖ มีผู้สอบได้นักธรรมชั้นตรี-โท-เอก รวม ๑๙ รูป สอบบาลีได้ชั้นประโยค ป.ธ.๓-๔-๕ รวม ๒๓ รูป มีพระปลัดลมัย โกวิโท นามสกุล พีระพันธ์ ชาวบ้านฝั่งคลอง ตำบลเกาะหวาย อำเภอปากพลี จังหวัดนครนายก ภายหลังทรงตั้งเป็น พระมหาลมัย เป็นรูปหนึ่งในจำนวนนั้น และพระมหาลมัย ภายหลังสอบได้ชั้นประโยค ป.ธ.๗ ได้เป็นกำลังสำคัญในการจัดการศึกษานักธรรมและบาลีประจำสำนักศาสนศึกษาวัดโมลีโลกยารามอย่างยิ่ง มีศิษย์ที่ท่านสอนเป็นพยาน คือ พระมหาชาลี อุตฺตโร ป.ธ.๓ ต่อมาเป็น พระครูสังวรโมลี อดีตเจ้าอาวาสวัดโมลีโลกยาราม รุ่นที่ ๑๐ (พ.ศ. ๒๔๙๓-๒๕๑๔) พระมหาลมัย ได้รับภาระการเรียนการสอนของสำนักวัดโมลีโลกยาราม ทั้งเป็นกำลังสำคัญของมหาธาตุวิทยาลัย คือ สำนักเรียนวัดมหาธาตุ เพราะต้องเป็นครูสอนชั้น ป.ธ.๔-๕-๖ ในมหาธาตุวิทยาลัย ถือว่าเป็นผลผลิตที่สำคัญของพระประสิทธิศีลคุณ ผู้วางรากฐานการศาสนศึกษาไว้ ต่อมา พ.ศ.๒๔๙๖ พระมหาละมัย ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะชั้นสามัญที่ พระสุขุมธรรมาจารย์ ในนามอาจารย์ประจำมหาธาตุวิทยาลัย ทั้งที่มิได้เป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาสหรือตำแหน่งทางปกครองอื่นใดเลย ครั้น พ.ศ.๒๔๙๙ จึงโปรดให้ย้ายไปครองวัดหงส์รัตนาราม มรณภาพเมื่อ ๖ กรกฎาคม ๒๕๒๓ ส่วนพระมหาชาลี ผู้เป็นศิษย์ได้เป็น เจ้าอาวาส ต่อมาได้รับพระมหากรุณาตั้งเป็นพระครูสังวรโมลี ได้จัดการศึกษาพระปริยัติสืบต่อจากอาจารย์อย่างไม่ลดละ สามารถมีศิษย์สืบทอดได้ เช่น พระมหาโสม ปญฺญาวุฑฺโฒ ป.ธ.๗ สำนักศาสนาศึกษาวัดโมลีโลกยาราม เข้าสอบในนามสำนักเรียนวัดมหาธาตุ ครั้นปี พ.ศ. ๒๕๐๖ พระมหามา ปสุโต สอบได้ชั้นประโยค ป.ธ.๙ นับเป็นเปรียญธรรม ๙ ประโยค รูปแรกของวัดโมลีโลกยาราม
(๒) ระยะตั้งเป็นสำนักเรียน
ครั้นเมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๔ พระครูสังวรโมลี (ชาลี อุตฺตโม) ลาออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาส พระมหาโสม ปญฺญาวุฑฺโฒ ป.ธ.๗ ได้รับตำแหน่งเจ้าอาวาสสืบแทน และได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะชั้นสามัญที่ พระรัตนมุนี ตั้งแต่รักษาการแทนเจ้าอาวาสเป็นต้นมา ได้รับภาระจัดการศึกษาต่อ โดยปรับปรุงระบบการเรียนการสอนให้ดีขึ้น เพื่อรองรับการศึกษา ท่านสร้างโรงเรียนพระปริยัติธรรมขึ้น ๑ หลัง เป็นอาคารตึก ๒ ชั้น กว้าง ๘ เมตร ยาว ๒๘ เมตร มีมุขยื่นกลาง ๕ เมตร เสร็จลงในปี พ.ศ. ๒๕๒๑ ครั้นปี พ.ศ. ๒๕๒๕ พระมหาฉลาด ปริญฺญาโณ สอบชั้นประโยค ป.ธ.๙ ได้รับภาระการเรียนการสอนในสำนักศาสนศึกษาแห่งนี้อย่างเข้มแข็ง ในระยะนี้สำนักยังจัดการเองแล้วส่งนักเรียนเข้าสอบในนามสำนักเรียนวัดมหาธาตุ ต่อมาปี ๒๕๓๔ เมื่อได้ปรับปรุงสำนักศาสนศึกษาดีขึ้นแล้ว จึงดำเนินการขอแยกตั้งเป็นสำนักเรียนพระปริยัติธรรม เพื่อจะทำให้สำนักเรียนมีความเจริญมั่นคงยิ่งขึ้น เพราะวัดอื่น ๆ ที่เคยขึ้นต่อสำนักเรียนวัดมหาธาตุ แยกตั้งสำนักเรียนตามลำดับ โดยได้ขอจัดตั้งสำนักเรียนผ่านเจ้าคณะผู้ปกครองคณะสงฆ์ตามลำดับ ถึงกรมการศาสนาเมื่อวันที่ ๒๕ มกราคม ๒๕๓๔ กรมการศาสนาได้นำเสนอมหาเถรสมาคม ในคราวประชุมครั้งที่ ๒๐/๒๕๓๔ วันที่ ๙ สิงหาคม ๒๕๓๔ ที่ประชุมมีมติอนุมัติให้จัดตั้งเป็นสำนักเรียนตามที่ขอ กรมการศาสนาได้แจ้งเจ้าอาวาสวัดโมลีโลกยาราม เมื่อวันที่ ๙ กันยายน ๒๕๓๔
เมื่อวัดโมลีโลกยารามได้เป็นสำนักเรียนแล้ว พระรัตนมุนี (โสม) เจ้าอาวาส จึงมีฐานะเป็นเจ้าสำนักเรียนรูปแรก และได้แต่งตั้งพระมหาฉลาด ปริญฺญาโณ ป.ธ.๙ เป็นอาจารย์ใหญ่รูปแรก ในปีแรกที่ส่งนักเรียนเข้าสอบในนามสำนักเรียนวัดโมลีโลกยาราม คือปี พ.ศ. ๒๕๓๕ มีผู้สอบได้พอสมควร และเป็นนิมิตรหมายอันดียิ่งที่ สามเณรประยูร ป้อมสุวรรณ สอบได้ชั้นประโยค ป.ธ.๙ ได้รับพระบรมราชูปถัมภ์อุปสมบทเป็นนาคหลวงรูปแรกของสำนักวัดโมลีโลกยาราม จากนั้นการเรียนการสอนและผลการเรียนอยู่ในระดับพอสมควรเพียงระยะหนึ่ง ครั้นถึงปี พ.ศ. ๒๕๓๘ ซึ่งส่งเข้าสอบปี ๒๕๓๙ ผลการเรียนการสอบลดลงอย่างน่าวิตก เพราะปี ๒๕๓๙ สอบบาลีได้ ๓ รูป ปี ๒๕๔๐ สอบได้เพียง ๒ รูป ทั้งนี้ คงเป็นเพราะพระภิกษุสามเณรผู้อยู่ในวัยเรียนสนใจเรียนสายสามัญมากกว่าพระปริยัติธรรม กอปรทั้งพระรัตนมุนี เจ้าสำนักเรียน เริ่มอาพาธและมรณภาพลงเมื่อวันที่ ๘ กันยายน ๒๕๓๙ แม้พระศรีปริยัตยาภรณ์ (ฉลาด) ซึ่งเป็นผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาส และรักษาการแทนเจ้าสำนักเรียน จะตั้งใจรับภาระอย่างเต็มที่ แต่ก็อาพาธซ้ำอีก จึงเป็นเหตุให้ผลการเรียนขาดประสิทธิภาพ
(๓) ระยะปรับปรุงสำนักเรียน
ครั้นวันที่ ๑๖ กรกฎาคม ๒๕๔๐ พระเทพปริยัติสุธี (วรวิทย์) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดมหาธาตุฯ เจ้าคณะภาค ๑๑ ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดโมลีโลกยาราม ตามพระบัญชาสมเด็จพระสังฆราช มีฐานะเป็นเจ้าสำนักเรียนวัดโมลีโลกยาราม อีกตำแหน่งหนึ่ง ซึ่งนับเป็นเจ้าสำนักเรียนรูปที่ ๒ เมื่อได้ศึกษาเหตุผลแห่งความเสื่อมทรุดของสำนักเรียนแล้ว ต้องเร่งรัดแก้ไขโดยจัดให้มีการเรียนการสอนอย่างจริงจัง ทั้งที่วัดและที่ศูนย์สังฆศาสน์ธำรง ต.นนทรี อ.กบินทร์บุรี จ.ปราจีนบุรี ปี ๒๕๔๑ ซึ่งเป็นปีแรกที่ส่งนักเรียนเข้าสอบ มีนักเรียนเข้าสอบจริง ๓๑ รูป สอบได้ ๑๔ รูป และพระมหาบุญเฮ็ง ปญฺญาสิริ สอบได้ชั้นประโยค ป.ธ.๙ จึงทำให้สำนักเรียนเริ่มมีประสิทธิภาพขึ้น
ในปี ๒๕๔๐ นั้น ได้กำหนดนโยบายสำนักเรียนวัดโมลีโลกยารามขึ้นเพื่อใช้เป็นแนวทางบริหาร และปี ๒๕๔๒ ได้กำหนดแผนงานตามนโยบาย ได้เร่งรัดงานนี้มาตลอด แผนงาน ได้ปรับปรุงผู้บริหารและครูสอนให้เหมาะสม และรับศูนย์สังฆศาสน์ธำรงเป็นสำนักสาขา ทำให้เกิดผลสัมฤทธิ์ทางการศึกษาสูงตามลำดับ จนกระทั่งปีพุทธศักราช ๒๕๕๐ สำนักเรียนวัดโมลีโลกยารามจึงมีผู้สอบได้เป็นอันดับ ๑ ของกรุงเทพมหานครติดอันดับ ๑ ใน ๕ ของประเทศ พ.ศ. ๒๕๔๑-๒๕๔๓ ดังปรากฏตามสถิติการสอบบาลีสนามหลวง ของสำนักเรียนวัดโมลีโลกยาราม พุทธศักราช ๒๕๔๑-๒๕๕๓
อย่างไรก็ตาม พระเทพปริยัติสุธีได้ทำการปรับปรุงพัฒนาสำนักเรียนนี้ ทั้งด้านวิชาการ และด้านบุคลากร และงบประมาณ การเร่งรัดให้การเรียนการสอนได้มาตรฐานเพื่อคุณภาพ ด้านบุคลากรได้แต่งตั้งพระมหาสมจิตร สมจิตฺโต ป.ธ.๙๑ เป็นอาจารย์ใหญ่ พ.ศ. ๒๕๔๔-ปัจจุบัน ต่อมาได้แต่งตั้งมหาสุทัศน์ วรทสฺสี ป.ธ.๙ เป็นอาจารย์ใหญ่สืบต่อมา
ด้านงบประมาณนี้ เนื่องจากเป็นสำนักเรียนที่ยากจน มีการปรับปรุงสถานศึกษา จึงทำได้ลำบาก จึงต้องอาศัยศาลาบ้าง ใต้ถุนกุฎิบ้าง เป็นสถานที่เรียน เพราะห้องเรียนไม่เพียงพอ
ในยุคทองของพระเทพปริยัติสุธีนี้ คือเป็นยุครุ่งเรืองของสำนักเรียนเพราะมีผู้สอบบาลีได้จำนวนมากเกือบ ๑๐๐ รูป ในแต่ละปี ในยุคนี้ที่เป็นเจ้าอาวาส มีเปรียญธรรม ๙ ประโยค ถึง ๓๒ รูป มีสามเณรนาคหลวง ๕ รูป จากนั้นท่านก็มรณภาพ เมื่อเดือนกุมภาพันธ์ ๒๕๕๔
เพื่อลดปัญหาขาดแคลนที่เรียน
ในปี ๒๕๕๓ นี้ ได้เริ่มก่อสร้าง “อาคารโมลี
ปริยัตยากร”
ซึ่งมีขนาดกว้าง ๙ เมตร ยาว ๖๐ เมตร สูง ๒ ชั้น เพื่อถวายเป็นอาคารเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ในพระราชวโรกาสที่เจริญพระชนมายุ
๘๔ พระพรรษา และเป็นผลไว้ใช้ในสำนักเรียนต่อไป
แต่วัดยากจนมีทุนน้อย ต้องรอศรัทธาโดยทั่วไป
ในยุคทองของพระเมธีวราภรณ์ ได้สืบสานปณิธานต่อจากพระพรหมกวี (วรวิทย์) ผู้เป็นพระอุปัชฌาย์ ได้จัดการเรียนการสอนอย่างเข้มข้นมีพระภิกษุจำนวนเพิ่มขึ้นมากกว่า ๒๐๐ รูป มากกว่าทุกที่ผ่านมา และตั้งแต่รับตำแหน่งเจ้าอาวาสมีผู้สอบได้ปีละ ๑๐๐ กว่ารูป เป็นอันดับ ๑ ของกรุงเทพมหานคร และเป็นอันดับ ๑ ใน ๓ ของประเทศ พระเมธีวราภรณ์ได้บริหารโดยใช้เทคโนโลยี และสื่อมัลติมีเดียอื่นๆ
พระธรรมปริยัติโสภณ
เรียบเรียง ๒๔ สิงหาคม ๒๕๔๗